A minisztériumok kispályás labdarúgó bajnokságának XXI. századi története 2001-től datálódik, amikor is a Deutsch Tamás vezette Ifjúsági és Sport Minisztérium által kiírt első bajnokságra 20 csapat nevezett.

A lebonyolítás három szakaszos rendszere korán kialakult: az Alapszakaszban a csapatok teljes kört játszanak, majd két részre oszlik a mezőny, ahol a Felső Házban – Alsó Házban újabb körök következnek. Ezután már a Rájátszás kieséses formában zajlik, ahol helyezéseik alapján párosítják a csapatokat kiemeléssel. Ez a lebonyolítás azért vált be, mert így minden csapatnak marad esélye a végső győzelemre, a tavaszi négyes döntőbe, a FINAL  FOUR-ba kerülésre.

Az első bajnoki címet a 2001/2002. szezon után a MOBILITÁS csapata szerezte meg, 2. az Oktatási Minisztérium, 3. a Honvédelmi Minisztérium, 4. pedig, a Miniszterelnöki Hivatal lett.

A következő 2002/2003. idényt is a sporttárca szervezte, ismét 20 csapat indult és a Belügyminisztérium lett a bajnok, 2. a Magyar Nemzeti Bank, 3.a Külügyminisztérium, 4. a Pénzügyminisztérium.

2004-ben megalakult a Tárcák Ligája és a 20 csapatos bajnokságot a Humánjövő 2000 Kht. támogatta. A végső győzelmet az Oktatási Minisztérium szerezte meg, legyőzve a döntőben a SPORT TV-t. A 3. az Országgyűlés együttese lett, 4. pedig, a Belügyminisztérium.

A következőkben az OM Sport Köre tartotta életben a hagyományokat és szerzett évről-évre támogatást a lebonyolításhoz. 2004/2005-ben 19 csapat vett rész és a Belügyminisztérium nyerte a bajnokságot, a Honvédelmi Minisztérium, az ISZCSEM és a Regionális Területfejlesztési Központ előtt.

A legnépesebb mezőny a 2005/2006.évre jött össze, amikor 22 csapat nevezett a küzdelmekre és a Magyar Közlönykiadó volt a főtámogató. A bajnokságot a Földművelésügyi Minisztérium nyerte, 2. a GYISM, 3. a Honvédelmi Minisztérium, 4. az Oktatási Minisztérium.

2006/07-re 18 csapat jött össze, bajnok Pénzügyminisztérium, 2. a Belügyminisztérium, 3. az FVM, 4. az Önkormányzati és Területfejlesztési Minisztérium.

2007/2008-ban hat év után nem voltak bajnoki küzdelmek a Soroksári úti Labdakertben, mint az állandó helyszínen. 2009 januárjában, a Marczibányi Sportcentrumban 13 csapattal indult újra a bajnokság és a Földművelésügyi Minisztérium lett az első, 2. a HM Barátai, 3. az Oktatási és Kulturális Minisztérium, míg a 4. az Önkormányzati Minisztérium.

Újabb szezon marad ki, majd a KIM és a NEFMI összefogásával Magyar Közigazgatási Liga néven újra indultak a küzdelmek, 2010. őszén 16 csapattal ismét a Labdakertben. A 2010/2011.szezon bajnoka a Honvédelmi Minisztérium, 2. a Nemzetgazdasági Minisztérium, 3. a Vidékfejlesztési Minisztérium, 4. a Zrínyi Miklós Nemzetvédelmi Egyetem.

A 2011/2012.évben 14 csapat indult, a három helyszínt is megjáró bajnokságban. Az alapszakaszt a Nemzetgazdasági Minisztérium nyerte, a Felső Ház győztese a Nemzeti Erőforrás Fejlesztési Minisztérium lett, míg az Alsó Házban a Magyar Gazdaság-fejlesztési Központ végzett az élen.

A Labdakertben, a V. 18.-i FINAL FOUR elődöntőiben a NEFMI, a Vidékfejlesztési Minisztériummal, a HM pedig, a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséggel játszik. A győztesek vívják a döntőt, a vesztesek játszanak a bronzéremért.

Az eddigi nyolc bajnokságból kettőt-kettőt nyert BM és az FVM, egyet-egyet a Mobilitás, az OM, a PM és a HM. Akárcsak a Bajnokok Ligájában, a minisztériumok bajnokságában sem volt még címvédés eddig.

(Jelmagyarázat: ISZCSEM=Ifjúsági Szociális Családügyi és Egészségügyi Minisztérium, GYISM= Gyermek Ifjúsági és Sport Minisztérium)